Villa Patrizi è voluta nel 1716 dal cardinale Giovanni Battista Patrizi che incarica della realizzazione l’architetto Sebastiano Cipriani. La villa, in stile rococò, appartiene senza soluzione di continuità alla famiglia Patrizi, oggi Patrizi Naro Montoro la cui residenza è il palazzo storico davanti a San Luigi dei Francesi.
La villa è danneggiata seriamente prima nel 1949 quando i patrioti della Repubblica Romana cercano di resistere agli attacchi francesi, Gran parte del palazzo e tutti i suoi decori interni sono distrutti da un incendio ma il marchese Filippo Patrizi fa ricostruire l’edificio e nel 1863 i Patrizi acquistano la confinate villa Bolognetti unendone i giardini. Nel 1870, sfortunatamente, la villa si trova al centro dei combattimenti per la presa di Porta Pia. Proprio da qui uno zuavo, infrangendo l’ordine del papa di non sparare il primo colpo, fa fuoco contro la batteria attestata su un piccolo colle d’altra parte della via Nomentana. Grazie alla precisione dei fucili in dotazione alle truppe pontifico un artigliere italiano è ucciso e in cannonamento ha inizio.
Nel 1907, dopo anni di abbandono, il marchese Filippo cede l’immobile all’Amministrazione delle Ferrovie dello Stato. Quello che rimane della villa è distrutto per far posto ai due grandi edifici del Ministero dei Lavori Pubblici in piazza Porta Pia e del Palazzo delle Ferrovie in piazza Croce Rossa 1. Il nome dell’antica villa rimane in questo secondo edificio, che anche oggi è chiamato “Villa Patrizi”. Durante la costruzione del palazzo delle Ferrovie sono esplorate e ricoperte le sottostanti catacombe di San Nicomede.